Het IWT voert een aantal extra taken uit in opdracht van de Vlaamse minister bevoegd voor het wetenschaps- en technologisch innovatiebeleid.
In eerste instantie is dit de opvolging van een aantal omvangrijke projecten die werden goedgekeurd door de Vlaamse Regering.
In het kader van de cofinanciering van projecten met EFRO-middelen, voert het IWT ook technische doorlichtingen uit van projectenvoorstellen met als scope technologische innovatiestimulering. Het betreft INTERREG-voorstellen of EFRO-projecten ingediend in het kader van Programmeringsdocumenten voor de Doelstellingengebieden.